يهدف القسم إلى تخريج مهندسين مدنيين مزودين بأسس العلوم الأساسية والتطبيقية والمهارات طبقا للمعايير الدولية ومتطلبات المشروعات المدنية – وهذه العلوم تشمل النظريات الأساسية المساعده لتصميم منشآت الري والمنشآت الهيدروليكية والبحرية .  وتمتد رسالة القسم لتغطى رفع قدرات الخرجين من خلال تقديم برامج الدبلومات فى الدراسات العليا ودرجتى الماجستير والدكتوراه . كما يساهم القسم فى خدمة المجتمع من خلال اشتراك أعضائه فى مراكز الدراسات والاستشارات الهندسية للتصميم والإشراف على تنفيذ المشروعات ووضع الحلول المناسبة للمشكلات التى تتعلق بالمنشآت المائية المختلفة فى مصر